وُلِدَ إسماعيل عبد السلام أحمد هنية في 23 كانون الثاني 1962 أو 1963 في قطاع غزة، داخل مخيم للاجئين كانت أُسرَتُه قد لجأت إليه من قرية الجورة، في قضاء مدينة عسقلان المحتلة.
درسَ الابتدائية والإعدادية في مدارس «وكالة غوث اللاجئين الفلسطينيين» (أونروا)، وحصلَ على الثانوية العامة من «معهد الأزهر»، ثم التحق بـ«الجامعة الإسلامية» في غزة عام 1987، وتخرّجَ منها مُجازاً في الأدب العربي.

برزَ هنية خلال مرحلة الدراسة الجامعية، عضواً نشطاً في مجلس اتحاد الطلبة، إلى جانب اهتمامه بالأنشطة الرياضية. وقد شغلَ عدّة وظائف في «الجامعة الإسلامية»، قبلَ أن يُصبحَ عميداً لها عام 1992.

تَولىّ هنية عام 1997 رئاسة مكتب الشيخ أحمد ياسين، بعد إفراج العدو الإسرئيلي عنه.

اعتقلهُ كيان الاحتلال الإسرائيلي، للمرة الأولى، عام 1987، بُعيد اندلاع الانتفاضة الفلسطينية، ولبثَ في السجن 18 يوماً. ثم اعتُقل، للمرة الثانية، عام 1988، لمدة ستة أشهر. ودخلَ إلى السجن، مجدداً، عام 1989، بتهمة الانتماء إلى حركة «حماس»، حيث أمضى فيه ثلاث سنوات، قبل أن يَجري نفيُهُ إلى منطقة مرج الزهور، جنوبي لبنان، حيث أمضى في منفاهُ عاماً كاملاً.

ترأس هنية قائمة «التغيير والإصلاح» التي حصدت أغلبية مقاعد المجلس التشريعي الفلسطيني في الانتخابات التشريعية التي جرت مطلع كانون الثاني 2006، وأصبح رئيساً للحكومة الفلسطينية التي شكّلتها «حماس» في شباط 2006.

تعرّض لمحاولات اغتيال ومضايقات، حيث جُرحت يده في 6 أيلول 2003، في غارة إسرائيلية استهدفت بعض قياديي «حماس»، كان من بينهم الشيخ أحمد ياسين. ومُنعَ من دخول غزة بعد عودته من جولة دولية، في 14 تشرين الأول 2006. وتعرّضَ موكبه لإطلاق نار، في غزة، في 20 تشرين الأول 2006، خلال اشتباك مسلّح بين حركتي «فتح» و«حماس»، واستهدفَ العدو الإسرائيلي منزله في غزة بالقصف، في جميع حروبها على غزة، سعياً لاغتياله.

أقالَهُ رئيس السلطة الفلسطينية محمود عباس في 14 حزيران 2007، بعد سيطرة «كتائب الشهيد عز الدين القسام» على مراكز الأجهزة الأمنية في غزة حسماً لانفلات أمني دامَ شهوراَ. وقد رفضَ هنية هذا القرار وواصلَ رئاسة ما أصبح يُسمّى «الحكومة المقالة»، التي واصلت إدارة شؤون القطاع.

حرِصَ هنية على فتح الباب أمام المصالحة الوطنية مع السلطة الفلسطينية، وأعلنَ قبوله التنازل عن رئاسة الحكومة المقالة في إطار مصالحة شاملة تكون حكومة وفاق وطني أبرز ثمارها. ونتيجة لذلك تمّ الإعلان عن تلك الحكومة في 2 حزيران 2014 برئاسة الأكاديمي رامي الحمد الله. وقد هنّأَ، حينها، هنية الشعب الفلسطيني بتشكيل الحكومة الجديدة، بالقول: «إنني أُسلّم اليوم الحكومة طواعية وحرصاً على نجاح الوحدة الوطنية والمقاومة بكل أشكالها في المرحلة القادمة».

انتُخبَ رئيساً للمكتب السياسي، للمرة الأولى، في 6 أيار 2017، بعد انتخابات داخلية متزامنة أُجريت في العاصمة القطرية الدوحة وغزة، عبر نظام الربط التلفزيوني (الفيديو كونفرنس).