تأسّست «هيئة العلماء المسلمين» مع بداية الأزمة السورية عام 2012. وهي نتاج توافق بين الجماعة الإسلامية ومكوّنات إسلامية أخرى. وقد ضمّت في صفوفها نحو 500 مُعمّم. وتشكّلت عملياً من قوى وجمعيات، منها: الجماعة الإسلامية، السلفيون، جمعيات إسلامية (مثل: الاتحاد، الإرشاد...). علماً أن مشايخ الجماعة يشكلون قرابة ثلث مشايخ الهيئة.للهيئة مجلس شورى ومكتب إداري يتم انتخاب الأعضاء فيهما من قبل المشايخ، ويتمّ اختيار رئيس للهيئة كل 6 أشهر بالتفاهم والمداورة بين مكوّنات الهيئة.
يتفق الناشطون في الهيئة على أنها لا تشكل بديلاً عن دار الفتوى. ويحرص هؤلاء على التأكيد على أن العلاقة قائمة مع دار الفتوى ومفتي الجمهورية، كما أن هناك ممثلين عن الهيئة في المجلس الإسلامي الشرعي الأعلى. الصدام الوحيد بين الطرفين حصل عند انتخاب مفتٍ الجمهورية خلفاً للمفتي السابق محمد رشيد قباني، إذ رشّحت الهيئة أحد أعضائها في وجه الشيخ عبد اللطيف دريان.
تصرّ الهيئة القيادية على أن أيّ مكوّن أساسي لم يغادر الهيئة خلال السنوات الفائتة، وأن الهيئة مستقلّة ولا ترتبط مالياً بالخارج، وأن تمويلها يأتي من الجماعة الإسلامية والجمعيات والهيئات المشاركة فيها، ويُصرف على الشؤون الإدارية. لكنّ هناك إقراراً بأن في الهيئة مشايخ يديرون جمعيات خيرية تمويلها خارجي، وأن لا علاقة للهيئة بذلك.
يؤكد مصدر بارز في الهيئة، حول الموقف من الانتخابات النيابية، أن القرار بالمشاركة لم يُتخذ بعد، وأن هناك اجتماعاً قريباً لمجلس الشورى للبتّ في الأمر. إلا أن التوجّه العام هو نحو إعلان مواصفات للمرشحين، وأن دعم أي مرشح يجب أن يحظى بتوافق الجميع. وقد التقى الأمين العام للجماعة الإسلامية عزام الأيوبي علماء الهيئة من ضمن المشاورات التي يجريها مع الإسلاميين قبل تحديد المرشحين للانتخابات المقبلة.
مصادر متابعة أكدت أن بين الأسماء المنويّ ترشيحها الشيخ بسام الطراس، ويُعتقد أن الهدف من ذلك تأمين حصانة نيابية له خوفاً من المحاكمة، ولا سيما أنه متهم بأنه المحرّض الرئيس لعدد من الشبان على القيام بأعمال إرهابية، ويُخشى من أي تداعيات محتملة لاعترافات جديدة لهم تحت قوس المحكمة، إضافة إلى ترشيح عدد من العلماء ممن يرفعون خطاباً تحريضياً ضد حزب الله. كما أنّ هناك مفاوضات تجري مع بهاء الدين الحريري لخوض الانتخابات النيابية إلى جانب حركة «سوا» التي يرأسها.