كانت التوقعات تقول إن مصر في عهد أول رئيس مدني منتخب ستشهد مناخاً يتسم بالحرية، خالياً من الاعتقالات أو الحبس للنشطاء، حيث خرج الملايين أثناء ثورة «25 يناير»، هاتفين بالحرية قبل العيش. ولكن ما نيل المطالب بالتمني فقط؛ ففي عهد أول رئيس بعد الثورة وصل عدد المعتقلين إلى 3460، على الرغم من إيقاف العمل بقانون الطوارئ لأول مرة منذ عقود. يؤكد مدير مركز الشهاب لحقوق الإنسان، خلف بيومي، أنّ الحرية اتسعت في عهد مرسي، حيث جرى إيقاف العمل بقانون الطوارئ، وخفّ التعرض للاحتجاجات بصفة عامة، رغم ارتفاع وتيرتها بقوة، كما أنّ نقد الرئيس والحديث عن موازنة مؤسسة الرئاسة والصناديق الخاصة أصبحا أمراً متاحاً للجميع سواء كانوا مواطنين أو ساسة، لكن هذا لا يعني بتاتاً أن مستوى الحرية في عهده ارتقى الى أهداف الثورة وتضحياتها.
المساوئ، من وجهة نظر بيومي، كانت مرتبطة بانحياز السلطة التنفيذية، وهذا ما يبرز بوضوح في عدم اتخاذ النائب العام الاجراءت اللازمة تجاه البلاغات التي قُدمت ضدّ قيادات في جماعة الإخوان المسلمين، ومنهم نائب المرشد خيرت الشاطر، في الوقت الذي استُدعي فيه باسم يوسف الإعلامي الساخر والمعارض للرئيس، فضلاً عن صدور قرارات استدعاء لكل من محمد البرادعي رئيس «حزب الدستور»، وحمدين صباحي مؤسس «التيار الشعبي». مساحة الحرية التي أُعطيت للتظاهر لم تمنع الاعتقالات التعسفية، حيث أكدت إحصائية أعدتها جبهة الدفاع عن متظاهري مصر بالتعاون مع حملة «حقي يا دولة»، وصول عدد المعتقلين في مختلف التظاهرات التي شهدتها البلاد في العام الأول لمرسي إلى 3460 معتقلاً، وأن «وزارة الداخلية باتت أكثر قمعية في عهد مرسي في التعامل مع المتظاهرين واعتقالهم».
ومن أبرز الثوار المعتقلين في عهد أول رئيس مدني منتخب الناشط السياسي أحمد دومة، بينما تم تجاهل البلاغات التي قُدمت ضد الناشط الإخواني أحمد المغير. سيناء، بدورها، عانت من قمع أول رئيس مدني، حيث وصل عدد معتقليها الى 900 معتقل.